כתבתם שהמרחק בין Eukarya ו־Chlorobacteria הוא 4 פסיעות והמרחק בין Gracilicutes לבין Hadobacteria הוא 0. לא מבינה כל כך איך זה הגיוני - מרחק בין שני מינים לא יכול להיות 0 אחרת הם היו אותו המין (בתור ביולוגית 
)
האם ניתן להגדיר יותר טוב מהו מרחק בין מינים?
כתבתם נניח שהמרחק בין Eukarya לבין Endobacteria הוא 3 פסיעות - אני סופרת 4 או שהשתגעתי??
עקרונית אני מסכים איתך אבל בנוגע לתרגיל פשוט תתייחסי לזה כאל “כמה מינים שונים יש בין שני מינים נתונים”, אז בדוגמא שאת הבאת יש את neomura, actinobacteria ו eurybacteria
הספירה היא כמה מינים את עוברת בדרך עדי להגיע למין הזה. אם לא עברת נגיד בשום מין אז יש 0 קפיצות.
אז איך זה מסביר בידיוק שהמרחק בין Eukarya ל-Chlorobacteria הוא 4 אבל בין Eukarya ל-Hadobacteria הוא 3?
בין Eukarya ל-Chlorobacteria יש גם את luca
לייק 1
נכון, אבל איך לפי ההגדרה של העץ (הטקסט שמראה מי האבא של כל מין), אתה יכול להסיק את זה ש-Cholorobacteria הוא בענף נפרד מכל השאר?
אתה לא צריך להסיק כלום, כל אחד מחובר למי שלפניו. ועל פי זה אתה יודע (זה בדיוק העניין של התרגיל)
יכול להיות שלא הבנת אותי נכון.
בתיאור של העץ:
Chlorobacteria -> LUCA
Hadobacteria -> LUCA
Cynaobacteria -> LUCA
Gracilicutes -> LUCA
Eurybacteria -> LUCA
Endobacteria -> Eurybacteria
Actinobacteria -> Eurybacteria
Neomura -> Actinobacteria
Eukarya -> Neomura
Archaea -> Neomura
אי אפשר לדעת ש-Cholorobacteria נמצא על “ענף” נפרד מאשר לדוגמא Hadobacteria.
זה אומר שלא ניתן להסיק את המבנה כמו שהוא בציור - כלומר לא ניתן לדעת שהמרחק בין Chlorobacteria לבין Eukarya הוא 4 אבל המרחק בין Hadobacteria לבין Eukarya הוא 3.
אם רוצים לתאר את המינים בעזרת מבנה זה, ולחשב את המרחק, זה אומר שבהכרח הם אמורים לשבת על אותו ענף, מאחר שלא ניתן להפריד פה למקרים עם מבנה הנתונים הזה
אם אתה יודע מי ה"אבא" של כל אחד אתה יכול להרכיב את העץ… אחרי שתרכיב את העץ תוכל לבדוק.
זה בדיוק מה שצריך לעשות בתרגיל הזה.
אבל תמיד מחפשים את האב הקדמון המשותף, בדוגמא הזו יש את LUCA ביניהם. אז לפי מה שאני מבינה זה שתי פסיעות…? בכל מקרה 0 זה לא כל כך הגיוני…
זאת דוגמה למה שהתכוונתי.
לפי מבנה הנתונים שהוגדר המצב הזה גם אפשרי, כך ש- Eukarya נמצא במרחק 4 פסיעות גם מ-Hadobacteria.
אי אפשר לדעת במבנה הנתונים שהוגדר אם המין יוצא מענף נפרד או מאותו ענף כמו מינים אחרים
אם המרחק ממך למישהו הוא בלי מינים בדרך זה אומר שהקשר ביניכם ישיר - ולכן מיוצג כ 0.
הבנתי למה אתה מתכוון כלומר על מצב בו יש שני מינים שמחוברים לאותו אב, פעם ששניהם תחתיו ופעם ששניהם לצידיו.
ואז בעצם אי אפשר להבדיל בין אם הם באותו הצד או בשני צדדים שונים.
זו באמת בעיה 
הייתי מבינה שהמרחק הוא 0 בין LUCA לבין Hadobacteria כי אז אין באמת מינים באמצע.
אבל בין Gracilicutes לבין Hadobacteria? יש עוד מין באמצע, צריך להיות מרחק 1 לא?
לא כי הם יושבים בלי מין ביניהם, הם על אותו “קו”. אין ביניהם מין מפריד.
טוב נחכה לתשובה מהמאסטר @Yam לגבי ההגדרה של מבנה הנתונים.
בכל מקרה אני חושב שכדי לתקן את זה, למרות שזה סותר מעט את העץ - כל המין יוצאים מאותו ענף של “אבא שלהם”
2 לייקים
בעצם כדי ליישב את הסתירה הזו צריך שכל מי שיוצא מאב מסויים, יחשב מרחק 0 ולא יחשב שיש מרחק ביניהם ואז אם הם יוצאים מאותו ענף או לא זה לא משנה את הספירה
הבעיה נוצרת בין מצבים כאלו לדוגמא:
בין כל המצבים שיוצאים ממין כלשהו.
גם מ-Cyanobacteria ו- Eurybacteria.
גם בין Endobacteria ו- Actinobacteria שיוצאים מ-Eurybacteria.
גם בין Eukarya ו- Archea שיוצאים מ-Neomura.
פשוט צריך הגדרה לעץ הזה - כל מין אם הוא יוצא מענף נפרד או מאותו ענף.
בסופו של דבר יצא עץ שונה, אך חייבים לתת מענה, כי אחרת לא יהיה ניתן לדעת איך לגשת לשאלה
